Bankas galvenā lēmējinstance ir Pilnvarnieku valde, kuras locekļi ir ES dalībvalstu finanšu ministri. Pilnvarnieku valde nosaka un apstiprina kreditēšanas politikas vadlīnijas, apstiprina bankas gada pārskatu un bilanci, lemj par bankas finansētām operācijām ārpus ES robežām, kā arī par bankas pamatkapitāla palielināšanu, un apstiprina amatos Direktoru valdes, Vadības komitejas un Revīzijas komitejas locekļus.
  
Direktoru valdes kompetencē ir lēmumu pieņemšana par aizdevumu un garantiju izsniegšanu un bankas aizņēmumu operācijām. Vienlaikus Direktoru valdes pamatuzdevumos ietilpst bankas statūtos paredzēto uzdevumu un pilnvarnieku rezolūciju izpildes nodrošināšana. Direktoru valde sastāv no 28 direktoriem - katra ES dalībvalsts nozīmē vienu direktoru un Eiropas Komisija ieceļ savu pārstāvi Direktoru valdē. Direktoru valdes lēmumi tiek pieņemti, balsojot pēc vairākuma principa, piedaloties vismaz 1/3 no valdes sastāva, kas kopā pārstāv ne mazāk kā 50% no bankas parakstītā kapitāla.

Vadības komiteja ir EIB pastāvīga koleģiāla institūcija, kuras primārā atbildības sfēra ir Bankas ikdienas operāciju nodrošināšana. Vadības komiteja sastāv no 9 locekļiem - EIB prezidenta un 8 viceprezidentiem.

Latvijas Republiku EIB Pilnvarnieku valdē pārstāv finanšu ministrs, bet Direktoru valdē - Finanšu ministrijas valsts sekretārs. Viedokļus un ieteikumus par Bankā izskatāmajiem jautājumiem sagatavo Finanšu ministrijas speciālisti.