Latvijā Kohēzijas fonda, Eiropas Sociālā fonda, Eiropas Reģionālā attīstības fonda, kā arī EEZ un Norvēģijas grantu vadošā iestāde ir Finanšu ministrija. Vadošā iestāde atbild par efektīvu, caurredzamu un drošas finanšu vadības principiem atbilstošu ES fondu un EEZ un Norvēģijas grantu ieviešanu.

Vadošā iestāde, sadarbojoties ar atbildīgajām iestādēm un konsultējoties ar sociālajiem, nevalstiskā sektora un reģionālajiem partneriem, izstrādā ES fondu plānošanas dokumentus, tādējādi nodrošinot partnerības principa ievērošanu plānošanas dokumentu sagatavošanā, kā arī nodrošina ES fondu starpnozaru koordināciju. Tāpat vadošā iestāde nodrošina ES fondu uzraudzību, izvērtēšanu, komunikācijas vadību u.c. funkcijas.

Finanšu ministrija ir noteikta kā Revīzijas iestāde  Eiropas Savienības fondu un ārvalstu finanšu instrumentu ietvaros. Revīzijas iestādes funkciju izpildi nodrošina Finanšu ministrijas Eiropas Savienības fondu revīzijas departaments. 

Revīzijas iestādes galvenais uzdevums ir sniegt neatkarīgu un objektīvu atzinumu Eiropas Komisijai un donorvalstīm, ministram un valsts sekretāram par Eiropas Savienības fondu un ārvalstu finanšu palīdzības vadības un kontroles sistēmas darbības efektivitāti un deklarēto izdevumu likumību un pareizību.