ZIB augstākā lēmējinstitūcija ir Pilnvarnieku valde. Šī valde sastāv no astoņiem pilnvarniekiem - pa vienam no katras dalībvalsts. Cita starpā Pilnvarnieku valde lemj par bankas nolīgumu, Statūtiem un kapitālu.

Atskaitot funkcijas, kuras pilda Pilnvarnieku valde, pārējās atrodas Direktoru valdes kompetencē. Direktoru valdes galvenie darbības jautājumi ir saistīti ar aizdošanas, aizņemšanās un administratīvajām aktivitātēm. Direktoru valdē ir astoņi direktori (no katras dalībvalsts pa vienam), kā arī pēc līdzīga principa nozīmēti astoņi direktoru vietnieki. Daļu savu pienākumu Direktoru valde uztic pildīt bankas prezidentam. 

Bankas Kontroles komiteja nodrošina ZIB darbības atbilstības Statūtiem izvērtēšanu. Šī komiteja ir atbildīga par bankas auditēšanu, kā arī tā sniedz ikgadēju audita ziņojumu Pilnvarnieku valdei. Kontroles komiteja sastāv no desmit locekļiem - viens pārstāvis no katras dalībvalsts, kā arī komitejas vadītājs un vadītāja vietnieks. 

Latvijas Republikas pilnvarnieka funkcijas Ziemeļu Investīciju bankā pilda finanšu ministrs. Direktoru valdē valsts intereses pārstāv ZIB Latvijas direktors, Valsts kases pārvaldnieks un ZIB Latvijas direktora vietnieks. Latvijas pārstāvis darbojas arī Kontroles komitejā.