EPAB atrodas Eiropas Padomes pārraudzībā. Saskaņā ar Bankas statūtiem EPAB vadību un uzraudzību nodrošina Pilnvarnieku valde, prezidents, Administratīvā padome un Auditoru valde.

EPAB Pilnvarnieku valdes kompetencē ir organizācijas stratēģiskā un politiskā rakstura jautājumi. Pilnvarnieki ievēl Pilnvarnieku valdes priekšsēdētāju, Administratīvās padomes priekšsēdētāju, Bankas prezidentu, lemj par sadarbību ar citām starptautiskajām organizācijām, kā arī apstiprina Bankas gada darbības pārskatus, finansiālos pārskatus un citus dokumentus.

Bankas Administratīvā padome pilda tai Pilnvarnieku valdes deleģētās funkcijas. Administratīvā padome nodrošina Bankas darbības principu ievērošanu, lemj par jautājumiem, kas saistīti ar Bankas kreditēšanas, aizņemšanās un garantiju aktivitātēm, kā arī balso par EPAB operacionālo budžetu.

Administratīvā padome ir izveidojusi Izpildkomiteju, kas sastāv no deviņiem Administratīvās padomes locekļiem un ko vada padomes priekšsēdētājs. Izpildkomitejas locekļi mainās rotācijas kārtībā. Izpildkomitejas dibināšanas mērķis bija Administratīvās padomes darba atslogošana un racionalizēšana.