Tāpat kā pastāv dažādas ēnu ekonomikas definīcijas, pastāv arī dažādas tās aprēķināšanas metodes un arī rezultāti. Metodes, kuras tiek izmantotas ēnu ekonomikas pētījumos, var iedalīt tiešajās (mikro – datu) metodēs un netiešajās (makro – indikatoru) metodēs.
Tiešajās metodēs tiek izmantotas aptaujas un (vai) anketas ar brīvas izvēles atbildēm vai nodokļu audits. Netiešās metodes, sauktas arī par indikatoru metodēm, galvenokārt ir makroekonomiskas, un tajās izmantoti dažādi ekonomikas un citi indikatori, kas satur informāciju par ēnu ekonomikas dinamiku.
Modelēšanas metodē tiek pieņemts, ka vairāki cēloņi nosaka ēnu ekonomikas eksistenci un izaugsmi, savukārt ēnu ekonomikas izmaiņas rada vairākus efektus laikā. Dinamiskais “vairāku indikatoru – vairāku cēloņu” modelis (MIMIC - The Dynamic Multiple Indicators –Multiple Causes Model) ļauj iegūt laika rindas indeksus par nereģistrētā un reģistrētā izlaides līmeņa attiecību valstī.
Ēnu ekonomikas apjoma aprēķinu metodes nevar viennozīmīgi uzskatīt par precīzām un savstarpēji salīdzināmām. Lielākā daļa šo metožu dod iespēju novērtēt tikai ēnu ekonomikas pārmaiņu virzienu un pieauguma vai samazinājuma aptuvenu mērogu, proti, tendences, nevis konkrētu tās lielumu. Turklāt, novērtējot ēnu ekonomikas lielumu konkrētai valstij, dažādu metožu izmantošana bieži uzrāda krasi atšķirīgus rezultātus vai pat pretējas tendences dinamikā. Precīzāku ēnu ekonomikas apjoma novērtējumu iespējams veikt, kvalitatīvi apkopojot un analizējot individuālu uzņēmumu datus, tomēr šādu datu iegūšana ir sarežģīts un dārgs process. Metodes, kurās izmanto makro rādītājus, jāvērtē ļoti piesardzīgi, rūpīgi analizējot iegūtos rezultātus. Jāņem vērā arī to, ka precīzākus datus var iegūt tikai ar zināmu laika nobīdi.