Uzņēmumu ienākuma nodokļa likums paredz īpašu nodokļa maksāšanas režīmu – tonnāžas nodokli. Tonnāžas nodokli  var izvēlēties maksāt komercsabiedrība, kura izmanto kuģus starptautiskajos pārvadājumos vai ar to saistītās darbībās un kurai Valsts ieņēmumu dienests piešķīris tonnāžas nodokļa maksātāja statusu. Tonnāžas nodokli aprēķina, pamatojoties uz kuģa neto tilpību (tonnāžu), kas apliecināta ar derīgu Starptautisko tilpības apliecību.