Vadošā iestāde Latvijā ir Finanšu ministrija,  kas atbild par efektīvu, caurredzamu un drošas finanšu vadības principiem atbilstošu ES fondu un EEZ un Norvēģijas grantu ieviešanu.

Vadošā iestāde, sadarbojoties ar nozaru ministrijām un konsultējoties ar sociālajiem, nevalstiskā sektora un reģionālajiem partneriem, izstrādā ES fondu plānošanas dokumentus, tādējādi nodrošinot partnerības principa ievērošanu plānošanas dokumentu sagatavošanā, kā arī nodrošina ES fondu starpnozaru koordināciju. Tāpat vadošā iestāde nodrošina ES fondu uzraudzību, izvērtēšanu, komunikācijas vadību u.c. funkcijas.